空飛ぶ捜索医療団は、特定非営利活動法人ピースウィンズ・ジャパン・公益社団法人シビックフォースにより運営されています。

特定非営利活動法人ピースウィンズ・ジャパン
広島県神石高原町に本部を置き、国内外で自然災害、あるいは紛争や貧困など人為的な要因による人道危機や生活の危機にさらされた人びとを支援する国際協力NGOで、1996年に大西健丞が設立しました。これまでに世界34の国と地域で活動してきました。

公益社団法人シビックフォース
大規模災害などの緊急時に迅速で効果的な支援を行うためのNPO/NGO・企業・政府・行政の連携組織です。災害時支援に必要なあらゆる情報・人・資金・モノを活用し円滑で効果的な支援を実現します。東日本大震災や熊本地震、西日本豪雨、台風19号など度重なる国内災害を中心に、被災地のニーズに即した緊急・復興支援活動を展開しています。