神亀元年（724年）僧行基（ぎょうき）が慈恩寺景勝地を見て京に帰り、聖武天皇に奏上。天平18年(746年）勅命でインドの婆羅門僧正（ばらもんそうじょう）が開山。
平安時代には鳥羽上皇の宣勅により「御願寺」とされ、江戸時代には3ヶ院48坊からなる巨大祈祷寺院として約２８１２石を幕府より与えられ、鎮護国家の祈願寺として１３００年以上の歴史が続いております。