山形大学小白川キャンパスにある大学附属博物館です。自然科学、人文科学両方の資料を収蔵展示している総合博物館です。
昭和初期、全国的に郷土教育が盛んになったとき、本学地域教育文化学部の前身である山形師範学校では、郷土の博物資料を収集し、これを保管・展示するための「郷土室」を設けていました。
戦後、旧制高等学校の山形高等学校や山形師範学校などが基になり山形大学ができます。昭和27年には「博物館法」に基づき山形大学附属郷土博物館が博物館相当施設に指定されました。さらに、本学の発展に伴い、資料も各分野ごとにひろく収集され、その性格が郷土性を超えたため、昭和53年に館名を「山形大学附属博物館」に改めました。