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東大発!科学技術発展をサポートする画像不正検出ソフトを開発!

東大発!科学技術発展をサポートする画像不正検出ソフトを開発!

支援総額

1,048,000

目標金額 1,000,000円

支援者
42人
募集終了日
2014年7月4日
プロジェクトは成立しました!
4お気に入り登録4人がお気に入りしています

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2014年05月31日 00:00

ソフトウェアについて

こんにちは。LPixel 研究員の湖城です。
いつもLPixelおよびLP-examについて応援、ご支援下さいありがとうございます。

 

画像処理·解析の基礎、第2回目の今回はソフトウェアを紹介します。
一般に画像処理あるいは画像加工を扱うソフトウェアというと、PhotoshopやGIMPを思いうかべるかもしれません。これらは写真や画像の加工(フォトレタッチ)に関しては素晴しい機能を備えていますが、「解析」となると不十分です。

 

例えば、周期的なノイズを抑制するために画像をフーリエ変換しようとしても、Photoshopでは困難でしょう。
また、画像中に100細胞以上が写っているとして、一つ一つの細胞に左上から順に番号を振ったり、面積や円形度、平均輝度、他細胞との距離などの計測をするとなるとさらに困難です。

 

そこで、画像処理・解析に適したソフトウェアを使うことになります。
研究室や会社によっては Metamorph や MATLAB 等のパワフルなソフトウェアもありますが、これらは Windows でしか動かなかったり、非常に高価であったり、個人が導入するには現実的ではないかもしれません。

 

前置きが長くなりましたが、フリー(無償、オープンソース)の画像処理・解析ソフトウェアの代表はやはり ImageJ ではないでしょうか。
アメリカ国立衛生研究所 (NIH) に勤めていた Wayne Rasband さんが中心となって開発され続けているソフトウェアです。前身のNIH Imageを含めると、最初のリリースから27年以上経っており (ちょうど筆者も27歳です) 歴史のあるソフトウェアです。
Javaで作成されているため使用コンピュータの OS を選びません。Mac OSXでもLinuxでも同じように動作します。また、 Java 動作環境の改善により、今では動作も非常に軽快になっています。

 

最大の利点は、プラグインの種類が豊富な点です。
プラグインとは、機能を追加する(小さな)ソフトウェアのことで、これらを導入することによりImageJ に元々なかった機能を簡単に付加することができます。
多くのプラグインを最初から搭載した 「Fiji」 をはじめ、様々なプラグインが世界中で開発・公開されており、様々な目的に応じて選択することで、複雑な画像処理もワンクリックで達成できることになります。
もし、目的の処理を行うプラグインが無い場合は、プログラム言語である Java や Scala を用いて作るのも容易です (あるいは弊社に作成を依頼するのもオススメです) 。

 

もし統計処理環境であるR言語が使えるなら、「R」あるいは「RStudio」も候補の1つかもしれません。
画像処理・解析をした後、統計処理やグラフ作成まで一貫して行なえるのが良い点ですが、利用可能な画像処理の幅は ImageJ + プラグインには劣ります。ImageJ によって画像から定量データを得て(←画像解析)、これを R など統計ソフトウェアへ持って行って、そちらでグラフ作成や統計解析を行なう、という流れが好適かと思います。

 

今回は ImageJ と R を紹介しました。
次回は ImageJ のインストールについて簡単に紹介します。

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リターン

3,000

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1)サンクスレター
2)オンライン版の謝辞欄にご芳名を記載

支援者
15人
在庫数
制限なし

10,000

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1)、2)に加えて、
3)LPixelロゴ入りボールペン
4)LPixelロゴ入りポロシャツ

支援者
18人
在庫数
制限なし

30,000

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1)〜 4)に加えて、
5)LPixel入り東大ワイン(赤)
 ボトルにご芳名及び
 メッセージを彫刻させていただきます。

支援者
9人
在庫数
制限なし

50,000

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1)〜 5)に加えて、
6)個別報告会にご招待
 研究の現場で最新の機器を用いた
 画像診断体験プログラムもご用意しております。

支援者
2人
在庫数
10

100,000

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1)〜 6)に加えて、
7)会食にご招待。
【場所】東大本郷キャンパス内のフランスレストラン

支援者
2人
在庫数
13

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